Detective Conan: Jolly Roger in the Deep Azure (2007) Film ini dimulai dengan detektif Miwako dan Takagi yang mengejar penjahat yang melakukan kejahatan dan melarikan diri dengan mobil. Para penjahat menggunakan topeng Lupin dan Fujiko. Miwako mengejar kelompok itu ke pelabuhan dan melumpuhkan mereka. Beberapa saat sebelum salah satu penulisnya pingsan, dia menyebutkan pulau Koumi dan Jolly Roger; membingungkan Miwako dan Takagi.
Cerita akhirnya berlanjut hingga saat ini, ketika Kogoro yang baru saja memenangkan lotre 300.000 yen mengajak Conan, Ran, Detektif Cilik, Profesor Agasa dan Sonoko untuk berlibur bersama di Pulau Koumi. Pulau ini merupakan pulau yang sama yang disebutkan oleh salah satu pelaku kejahatan sebelumnya. Kebetulan, bukan? Sesampainya di hotel, tidak ada reservasi atas nama Kogoro sehingga membuat mereka bingung. Ternyata pengelola kantor pariwisata yang mengajak Kogoro berlibur sudah menyiapkan akomodasi yang lebih dekat dengan pantai.Begitu mereka tiba di penginapan, semua orang mulai bekerja.
Ran dan Sonoko pergi menyelam, Detektif Kecil bermain berburu harta karun bersama Ai dan Conan, Profesor Agasa dan Kogoro bersantai. Para detektif anak memulai perburuan harta karun menggunakan petunjuk yang diberikan oleh kepala Departemen Pariwisata, Jouji Iwanaga. Sementara itu, Ran dan Sonoko yang sedang dalam perjalanan menuju laut mendapat banyak hal tentang pulau yang dijelaskan oleh instruktur menyelam mereka, Kimiko Yamaguchi.
Yamaguchi mengatakan banyak orang mengunjungi pulau ini karena harta karunnya tersembunyi di suatu tempat di Pulau Koumi. Dahulu kala, pulau ini adalah rumah bagi dua bajak laut wanita bernama Anne Bonnie dan Mary Read. Mereka dikatakan menyembunyikan harta karun yang mereka kumpulkan di suatu tempat di Pulau Yoriya, sebuah pulau kecil dekat Pulau Koumi. Namun, ratusan tahun lalu, pulau tersebut tenggelam akibat hilangnya gas metana hidrat yang menjadi bahan bakar pulau tersebut.
Informasi ini pun sampai ke telinga para Detektif Cilik, membuat mereka bersemangat untuk menemukan harta karun di game yang mereka ikuti. Saat Detective Boys mencari harta karun bersama Conan dan Ai, Ran dan Sonoko mulai menyelam bersama Yamaguchi. Di laut, mereka bertemu dengan tiga orang yang diserang hiu. Ketiganya adalah pemburu harta karun bernama Tomoyoshi Tayama, Taro Izuyama dan Mitsushi Matsumoto. Saat itu, Tayama terluka parah, sedangkan Izuyama dan Matsumoto berusaha berenang menjauh dari hiu.
Ran, Sonoko dan Yamaguchi kemudian kembali ke perahu dan membawa ketiga orang tersebut ke rumah sakit. Sesampainya di rumah sakit, Tayama tidak mampu membantu. Hal ini menyebabkan Izuyama dan Matsumoto diinterogasi oleh polisi setempat dan Inspektur Megure, Shiratori, Miwako serta Takagi. Kogoro pun menanyakan tentang kecelakaan tersebut, namun mereka tidak dapat mengetahui lebih lanjut mengenai kejadian tersebut karena tidak cukup bukti bahwa itu bukanlah kecelakaan.
Di sisi lain, Conan mulai tidak ikut serta dalam perburuan harta karun karena ia lebih memilih mendengarkan kasus-kasus yang dialami para pemburu harta karun. Namun Ayumi, Genta, Mitsuhiko dan Ai masih sibuk mencari harta karun tersebut. Mereka hampir menyerah berkali-kali namun Conan selalu mampu membantu mereka.